2000年，系统理论获得硕士学位授予权，并于2002年开始招收系统理论专业硕士研究生。同时，数学课程与教学论参与了课程与教学论的硕士点申请，并获得了课程与教学论专业（数学方向）硕士学位授予权，并于2002年开始招生。2002年，基础数学专业获得硕士学位授予权，并于2004年开始招生。2005年，应用数学专业于获得硕士学位授予权，并于2007年开始招生。
以上述四个硕士点为平台获得了全日制教育硕士、在职教育硕士和同等学历研究生招生培养资格，并于2006年开始招收在职教育硕士和同等学历研究生，于2009年招收全日制教育硕士。
2011年，系统科学被国务院学位委员会批准为一级学科硕士授权点，并于2012年开始招收系统科学专业的硕士研究生。2016年，数学被国务院学位委员会批准为一级学科硕士授权点。
目前，学院招生的学位点：两个一级学科硕士授权点——系统科学、数学。另有一个专业学位（教育硕士）招生领域——学科教学（数学）。
学科与方向
系统科学学科研究方向：
1、博弈论及应用
2、模式识别与图像处理
3、数值计算
数学学科研究方向：
1、微分方程理论及应用
2、最优化理论及应用
3、矩阵理论及应用
4、控制理论及应用
5、不确定理论及应用
学科教学（数学）：不分方向
